Inną z form działalności na rzecz chrześcijan są placówki edukacyjne, prowadzone i utrzymywane przez Braci Mniejszych z Kustodii Ziemi Świętej. Co prawda kształcenie młodzieży nie jest charyzmatem ściśle franciszkańskim, jednak szkoły służyły utrzymaniu obecności chrześcijańskiej. Stanowią one dziś nieodłączny element obecności franciszkanów na Wschodzie i część krajobrazu kulturowego, religijnego i społecznego wielu arabskich wiosek i miast. Pierwsze szkoły przyjmowały niewielu chłopców chrześcijańskich, którym pomagano duchowo i materialnie. Przez wieki skromne szkoły przyklasztorne były jedynymi tego typu instytucjami na terenie Lewantu. Wszędzie dominowały bowiem „madrasy” – szkoły koraniczne. Na trzy wieki przed powstaniem Zgromadzenia Salezjańskiego franciszkanie w Ziemi Świętej uczyli młodych chrześcijan języków, muzyki i pożytecznych rzemiosł. Miejscowi chrześcijanie formowali się w duchu otwartości i możliwości dostępu do wiedzy świata zachodniego. Wielu z byłych uczniów Franciszkanów byli tłumaczami i służyli niewielkim grupom pielgrzymów nawiedzających Palestynę.

Chociaż szkołom przyszło dzielić burzliwy los wspólnot i poszczególnych klasztorów, stawały się jednak swego rodzaju centrami o dużym znaczeniu społecznym i ewangelizacyjnym. Bracia prowadzący tego typu placówki musieli odznaczać się odwagą i poświęceniem. W okresie I wojny światowej przyjęto tam młodzież ormiańską zmuszoną do ucieczki po tureckich rzeziach w Azji Mniejszej. Szkoła stała się dla rzeszy młodych Ormian punktem odniesienia i w najtrudniejszych czasach przyjmowała nawet 2 tys. uczniów narodowości ormiańskiej. W okresie II wojny światowej, a ściślej w latach 1942-1947 istniała z kolei polska szkoła w Nazarecie. Po wojnie arabsko-żydowskiej jako pierwszą na terenie Jerozolimy otwarto szkołę franciszkańską w 1949 roku (Terra Sancta College).

Szkoły franciszkańskie były i w pewnym stopniu pozostają synonimami doskonałego wykształcenia. W Jordanii do dziś „Terra Sancta College” należy do czołówki ośrodków dydaktycznych. Szkoła ta to przykład potrzeby pójścia z duchem czasu. W epoce nowożytnej w krajach arabskich rządy totalitarne lub dyktatorskie, które zastąpiły dawne monarchie, w ramach tzw. reform likwidowały szkoły franciszkańskie lub, w najlepszym wypadku, poddawano je ścisłej kontroli urzędników państwowych. Szczególnie bolesne są losy szkół i kolegiów franciszkańskich w Syrii, które w październiku 1967 roku znacjonalizowano.

Do przeszłości należy praktyka zatrudniania zakonników jako nauczycieli niektórych przedmiotów. W dobie obecnej franciszkanom w placówkach edukacyjnych (szkoły i ochronki) pomagają siostry zakonne różnych zgromadzeń. Cele prowadzenia szkół nie uległy zasadniczej zmianie: daje się możliwości kształcenia najbardziej potrzebującym. Na terenach palestyńskich Kustodia zapewnia pensję nauczycielom i zredukowała do minimum czesne.

Obecnie Kustodia posiada 14 szkół i kolegiów na terenie Izraela, Jordanii, Cypru i Libanu. W 2001 roku uczęszczało do nich ponad 7 tys. uczniów. Zatrudnionych było 438 nauczycieli i 66 osób w innym charakterze. Najwięcej uczniów goszczą mury szkoły w stolicy Jordanii – Ammanie (blisko tysiąc), ale tylko 40 % z nich to chrześcijanie. Podobna liczba dzieci uczęszcza do franciszkańskiej szkoły w Betlejem. Tam jednak uczniowie chrześcijańscy stanowią 70 %, a wśród dziewcząt 80 %. W Jerozolimie liczby te wynoszą ponad 700 dziewcząt i chłopców. Procentowo chrześcijanie stanowią odpowiednio 75 % (szkoła męska) i 85 % (szkoły żeńskie). W Nazarecie liczba uczniów wynosi prawie 700, a chrześcijanie to 70 %. Muzułmanie są większością w Akko, gdzie chrześcijan jest nieco ponad 30 %. W dwóch szkołach na terenie Libanu (Tyr i Trypolis) chrześcijańscy uczniowie to jednostki.

W dobie obecnej Kustodia nie stara się o zachowanie za wszelką cenę charakteru konfesyjnego szkół, chociaż placówki te pozostały skutecznym narzędziem apostolatu i ewangelizacji. Centra edukacyjne prowadzone przez Braci Mniejszych stały się w pełni międzywyznaniowe i ekumeniczne. Do szkół uczęszczają bowiem uczniowie należący do innych obrządków chrześcijańskich i muzułmanie.