Od początku swojej obecności Bracia Mniejsi zaangażowali się w duszpasterstwo nie tylko pielgrzymów czy kupców europejskich na terenie Lewantu.. Franciszkanie starali się utrzymywać wiarę lokalnej wspólnoty, zwanej słusznie „matką wszystkich Kościołów”. Chrześcijanie jednak znaleźli się w trudnej i bolesnej sytuacji. Dodajmy, że ona trwa nadal. Jest jednak lepsza niż w innych zislamizowanych regionach, gdzie nawet chrześcijańscy misjonarze żyją na zasadzie milczącej obecności. Mimo tego arabscy chrześcijanie poddani są wyjątkowej presji, a ich faktyczna obecność na Bliskim Wschodzie może w niedalekiej przyszłości zredukować się do zera. Według statystyk sporządzonych przez Kirche in Not liczba chrześcijan na terenie Ziemi Świętej ograniczona jest do 150 tys. Przez kolejne dekady „sukcesywnie zmniejszała się liczba wiernych Kościołów chrześcijańskich… z 20% do 2%. Społeczeństwo palestyńskie uległo głębokim przekształceniom z powodu masowej imigracji ludności muzułmańskiej i emigrowanie chrześcijan (ponad 4 mln arabskich chrześcijan żyje za granicą)”. Sondaże przeprowadzone wśród młodych chrześcijan palestyńskich mówią, że aż 75 % bez namysłu opuściłoby swoją ojczyznę.

Franciszkanie z Kustodii Ziemi Świętej aktualnie obejmują duszpasterską troską wiernych dwudziestu dziewięciu parafii oraz posługują w wielu innych kościołach i kaplicach filialnych we wszystkich Bliskiego Wschodu. Trzeba podkreślić, iż Kustodia jest odpowiedzialna za trzy największe parafie na całym terytorium Ziemi Świętej. Są to wspólnoty w Nazarecie, w Betlejem oraz w Jerozolimie. W pracę duszpasterską zaangażowanych jest około siedemdziesięciu zakonników. Przez wieki duszpasterzami byli zakonnicy wywodzący się z Europy, którzy uczyli się języka arabskiego. Obecnie większość duszpasterzy stanowią Franciszkanie pochodzenia bliskowschodniego. Parafie franciszkańskie powstały z potrzeby opieki nad wiernymi obrządku łacińskiego, dla których bracia przez wieki byli jedynymi duszpasterzami. Dzisiaj odpowiedzialność za życie Kościoła lokalnego franciszkanie dzielą z proboszczami z patriarchatu łacińskiego, który został reaktywowany w 1847 roku przez papieża Piusa IX.

Pole działania we wspólnotach języka arabskiego jest podobne do pracy w każdej innej parafii: udzielanie sakramentów, katechizacja, kierownictwo duchowe, praca z młodzieżą, animacja wspólnot Trzeciego Zakonu św. Franciszka Franciszkańskiego Trzeciego Zakonu Świeckich, praca z grupami formacyjnymi oraz akcje socjalne i charytatywne. Jedną z ważniejszych celebracji łączących wszystkich katolików tutejszych parafii jest procesja Niedzieli Palmowej, która rozpoczyna się w Betfage na Górze Oliwnej, a kończy przy kościele św. Anny, w murach Starego Miasta Jerozolimy. W maju, miesiącu maryjnym, wierni masowo uczestniczą w nabożeństwach, a na ich zakończenie w parafiach odbywa się wspaniała procesja maryjna.

W ostatnich latach pojawiły się nowe wyzwania duszpasterskie. Chodzi głównie o katolików języka hebrajskiego oraz o imigrantów różnego pochodzenia przebywających w Ziemi Świętej. Od ponad pół wieku istnieje wspólnota katolicka posługująca się językiem hebrajskim. Ta grupa katolików pochodzenia żydowskiego w Izraelu otrzymała pozwolenie na używanie swego języka w liturgii. Za oficjalny akt powstania tej wspólnoty (hebr. kehilà) uznaje się powołanie do życia przez patriarchę Goriego „Dzieła św. Jakuba”. Już w chwili powstania państwa Izrael w 1948 roku pojawili się katolicy z małżeństw mieszanych, którzy pragnęli nadal praktykować swoją wiarę. Ponieważ wierni ci stanowili mozaikę narodowościową i etniczną, postanowiono coś dla nich zrobić. Jedynym elementem jednoczącym był współczesny język hebrajski, stworzone ad hoc duszpasterstwo sięgnęło po ten język, prosząc jednocześnie Stolicę Apostolską o pozwolenie sprawowania w nim liturgii. Pozwolenia takiego udzielono, mimo iż na całym świecie obrzędy sprawowano po łacinie. W pewnym sensie kehilà stała się prekursorką soborowej odnowy liturgicznej i sprawowania obrzędów językach narodowych. Troskę duszpasterską nad wspólnotą roztoczyli Bracia Mniejsi z Kustodii Ziemi Świętej. Obecnie istnieje pięć katolickich wspólnot hebrajskich: w Jerozolimie, Jafie, Hajfie i Beer Szebie. Do nich należy dodać dwie wspólnoty chrześcijańskie złożone z emigrantów z krajów byłego Związku Radzieckiego, przybyłych do Izraela w latach dziewięćdziesiątych XX wieku. Wyróżniającym aspektem tej działalności jest otwartość na spotkanie i na dialog.

Kolejnym wyzwaniem nowej rzeczywistości duszpasterskiej, w którą zaangażowali się franciszkanie, jest obecność katolickich imigrantów. Osobny problem stanowią emigranci z krajów byłego ZSRR. Nie brak także katolików z różnych stron świata, którzy przybyli do Izraela w poszukiwaniu pracy i lepszego życia. Najliczniejsze wspólnoty pochodzą z Filipin, Ameryki Łacińskiej oraz z Afryki. Najlepiej zorganizowaną grupę stanowią Filipińczycy. Jest ich w Izraelu około 45 tys., z czego 5-10 tys. w Jerozolimie. Większość z tej rzeszy stanowią kobiety, a ich pobożność i przywiązanie do Kościoła jest bardzo duże. Wśród innych przybyszów z Dalekiego Wschodu procent chrześcijan jest znikomy. Do chrześcijaństwa przyznają się także Latynosi, których liczbę szacuje się na przeszło 15 tys. Niemal połowa z nich pochodzi z Kolumbii. Za miejsce pracy i pobytu wybrali aglomerację Tel Awiwu i północne tereny Izraela. Chrześcijan nie brakuje wśród przybyszów z Afryki, a do tradycji należą „afrykańskie liturgie” w w kościołach św. Piotra i św. Antoniego w Jafie. Oprócz liturgicznych celebracji, franciszkanie udostępniają emigrantom sale parafialne i klasztorne na spotkania o charakterze zarówno religijnym jak i rekreacyjnym. Charakter duszpasterski mają również liczne dzieła socjalne prowadzone przez Kustodię Ziemi Świętej: szkoły, domy studenckie, warsztaty rzemieślnicze, domy starców, sierocińce i placówki opiekuńcze, punkty szkolenia zawodowego dla dziewcząt, kolonie letnie, a nawet ambulatoria oraz centrum lecznicze.