Chrześcijanie z krajów europejskich odwiedzający Ziemię Świętą z zakłopotaniem przyglądają się różnorodności obrządków obecnych w najważniejszych sanktuariach. Zwykle nie zdają sobie sprawy ze znaczenia, jakie w dziejach chrześcijaństwa powszechnego odegrały poszczególne wspólnoty i ich bogate dziedzictwo duchowe. Historia w świętym mieście jest ciągle żywa i zazębia się ze współczesnymi problemami. W wyniku procesów dziejowych chrześcijanie stanowią dziś nieliczną i rozproszoną grupę, a ich liczba na terytorium Izraela, Palestyny i Jordanii waha się od 1,7 do 2,7%. Izrael i Palestyna liczą łącznie 7 mln mieszkańców, ale tylko 150 tys. z nich to chrześcijanie. Poza tym chrześcijaństwo jest ogromnie podzielone. W samej Jerozolimie można doliczyć się aż trzynastu wspólnot chrześcijańskich różnych obrządków.

Ziemia Zbawiciela była ponadto przez wieki punktem odniesienia dla chrześcijan z każdego zakątka świata, co nie tylko dało początek nieprzerwanym pielgrzymkom do miejsc świętych, lecz również inicjatywom, aby pozostać na stałe w ziemi zbawienia i podkreślić tę swoją obecność.

Pragnieniem Kościoła jest stać się widzialnym znakiem jedności i pokoju w tym rozdartym konfliktami regionie. Chrześcijanie znaleźli się w trudnej i bolesnej sytuacji, która trwa nadal. W tym kontekście należy także zrozumieć nastawienie wielu chrześcijan, którzy od wieków stanowią niewielkie wysepki w morzu islamu i czują się niejednokrotnie obrońcami „oblężonej twierdzy”. Religia muzułmańska odmawia przecież wolności sumienia. Nie tylko w Palestynie, ale także w innych krajach, islam obejmuje i reguluje wszystkie sfery życia oraz spycha na margines mniejszości religijne, przede wszystkim chrześcijan. Przez stulecia franciszkanie z Kustodii Ziemi Świętej byli nieustannie obecni wśród narodu arabskiego, ponieważ szkoły, parafie i działalność charytatywna są skierowane ku Palestyńczykom.

W Ziemi Świętej dialog międzychrześcijański czyli ekumenizm musiał zaistnieć niemal siłą rzeczy i niejednokrotnie był potrzebą chwili. Trudno jednak wyobrazić sobie miejsce bardziej odpowiednie do dialogu ekumenicznego niż Ziemia Święta. Chociaż wzajemne współistnienie różnych grup chrześcijańskich stwarza niejednokrotnie problemy, jednak pozwoliła na powstanie „ekumenicznej atmosfery”. Różne obrządki w niejednym sanktuarium były na siebie „skazane”, a ich mnogość nie tylko dziwi, lecz wręcz gorszy, szczególnie tam, gdzie różnice odczuwa się w konkretny sposób. Nie ma wątpliwości, że „dążenia do pełniejszej jedności między chrześcijanami nabierają szczególnego znaczenia w kraju narodzin Zbawiciela i w Świętym Mieście Jerozolimie. Tutaj…, pragnę potwierdzić, że kościelne znamię powszechności w pełni szanuje godziwą różnorodność. Różnorodność i piękno… [wschodnich] obrządków liturgicznych oraz […] duchowych, teologicznych i kanonicznych tradycji i instytucji świadczą o bogactwie przez Boga objawionego i niepodzielnego dziedzictwa Kościoła powszechnego, które rozwijało się przez wieki na Wschodzie i Zachodzie… Nic z tego bogactwa nie może być zgubione w pełniejszej jedności, do której dążymy”.

W Ziemi Świętej Kościół przypomina sobie o swoich starotestamentowych i semicko – judaistycznych korzeniach. Podkreślano niejednokrotnie, że nigdzie na świecie nie było podobnych warunków i potrzeb do dialogu z judaizmem. Zmiany polityczne i terytorialne na terenie Bliskiego Wschodu oraz powstania i rozwój współczesnego państwa Izrael to swego rodzaju wyzwanie dla chrześcijan. Społeczeństwo izraelskie interesuje się historią i dziejami chrześcijańskich miejsc świętych, lecz rzeczywisty pomost pomiędzy judaizmem a chrześcijaństwem stanowi wspólnota katolicka posługująca się w liturgii językiem hebrajskim, określając siebie mianem „kehila”. Duszpasterstwo opiera się na indywidualnej katechezie i więzach życzliwej przyjaźni. Niewielka wspólnota katolików mówiących po hebrajsku ma ogromne znaczenie dla Kościoła powszechnego, bowiem stanowi okazję po temu, aby Kościół wszczepił się w społeczeństwo żydowskie.

Patrząc z perspektywy ośmiu wieków historii zakonu oraz licznych świadectw ofiarnej a czasami i męczeńskiej służby Kościołowi w Ziemi Świętej, należy podkreślić fakt, że dialog z muzułmanami jest wpisany na stałe w posługę i misję franciszkanów. To wielowiekowe doświadczenie owocuje również dzisiaj. Kustodia Ziemi Świętej nie organizuje spektakularnych inicjatyw, ale prowadzi nieustanny dialog, który charakteryzuje się mądrością, szczerością, pokorą, otwartością i prostotą. Franciszkanie starają się być wiernymi pouczeniu założyciela, który nalegał, by nie wywyższać się nad innych, lecz by przekonywać bardziej przykładem życia niż kazaniami. Ten styl jest nadal realizowany również w Betlejem pośród mieszkańców, których większość stanowią muzułmanie. W trudnej sytuacji politycznej, gospodarczej i społecznej dialog z muzułmanami ma jeszcze jeden ważny aspekt. Wyraża go solidarność i pomoc charytatywna wobec najbardziej cierpiących, pozbawionych często środków do życia, prześladowanych i zapomnianych.

Kolejne wyzwanie dla katolików stanowi islam, który opanował Wschód. Religia ta, mimo początkowej tolerancji dla „ludów Księgi” (Żydzi i chrześcijanie), z czasem zaczęła ukazywać zupełnie inne oblicze. Święty Franciszek w XIII wieku zobaczył jednak w muzułmanach nie tyle wrogów, co braci. Swoim naśladowcom Biedaczyna z Asyżu poleca, aby „nie wdawać się w kłótnie ani w spory, lecz być poddanymi wszelkiemu ludzkiemu stworzeniu ze względu na Boga (1Pt 2,13) i przyznawać się do wiary chrześcijańskiej”. Dzięki takiemu podejściu do wyznawców islamu można było pokonywać bariery uprzedzeń i wrogości, a na Bliskim Wschodzie owa cecha charyzmatu franciszkańskiego staje się niejednokrotnie bardzo potrzebna.

Muzułmańscy pobratymcy często uważają, że chrześcijanie pochodzenia arabskiego za mało się angażują w walkę z „izraelskim okupantem”, co prowadzi do konfliktów. Ze swej strony Kościół katolicki w Ziemi Świętej (liczący około 65 tys. wiernych) chlubi się tym, że w nim Żydzi, Arabowie i ludzie innych narodowości mogą tworzyć jedność.

Ekumenizm „instytucjonalny” rozpoczął pontyfikat papieża Jana XXIII, a następnie rozwijał się w okresie pontyfikatu Pawła VI. Ojciec Święty określił swoją pielgrzymkę do Ziemi Odkupienia w 1964 roku jako „powrót… w duchu wiary, pokuty i odnowy, aby ofiarować Chrystusowi Jego Kościół, wzywać do niego, jako świętego i jedynego, wszystkich braci odłączonych”. Papież Vaticanum II położył fundamenty dla poszukiwań teologicznych w kontekście ekumenizmu. W kolejnych dekadach nie było już tak spektakularnych gestów, jak w okresie Soboru. Jan Paweł II wskazał na znaczenie Jerozolimy dla chrześcijaństwa. W czasie swojej pielgrzymki w roku 2000 jego gorące pragnienie zbliżenia ekumenicznego nie zostało osłabione pomimo piętrzących się trudności. Szczere poszukiwanie dialogu międzyreligijnego i pełen żarliwości apel, by wszystkie religie stały się poprzez modlitwę, słowo i czyn promotorami pokoju i przebaczenia, pozwoliły mu na przezwyciężenie wielu nieufności i zahamowań.

Ze względu na swój szczególnych charakter, misja Braci Mniejszych na Bliskim Wschodzie winna być przesiąknięta duchem ekumenicznym. W ciągu swojej historii misjonarze franciszkańscy powtarzali gesty swego Założyciela, starając się naśladować jego nastawienie do innych ludzi. „Umieć koegzystować w sposób pokojowy w tych samych miejscach, w codziennym życiu, to najmniej rzucająca się w oczy forma [ekumenizmu], ale najbardziej wymagająca i najskuteczniejsza”. „Duch ekumeniczny” powinien przenikać wszystkie pola działalności Kustodii Ziemi Świętej. Jest jednak oczywiste, że w specyficznych okolicznościach pewne inicjatywy ekumeniczne powinny być podejmowane z ostrożnością i według odpowiedniego rozeznania. Sanktuaria są zarezerwowane dla kultu katolickiego, chociaż daje się możliwość modlitwy w ich obrębie także grupom niekatolickim. Kustodia Ziemi Świętej uczestniczy we wszelkiego rodzaju inicjatywach i działaniach o charakterze ekumenicznym. Jednak także każdy zakonnik indywidualnie stara się o poznanie, poszanowanie i współpracę z chrześcijanami innych obrządków i przedstawicielami religii niechrześcijańskich.