Najbardziej zasłużoną instytucją naukową jest Franciszkańskie Studium Biblijne (Studium Biblicum Franciscanum). Założony przez Kustodię Ziemi Świętej fakultet uczelni Zakonu Braci Mniejszych rozpoczął swoją działalność w roku akademickim 1923-1924 przy klasztorze Biczowania w Jerozolimie. Od samego początku skoncentrował się na studiowaniu teologii biblijnej oraz geografii i historii Ziemi Świętej. W 2001 roku Stolica Apostolska, doceniając naukowe osiągnięcia Franciszkańskiego Studium Biblijnego, przyznała mu zaszczytną rangę Wydziału Nauk Biblijnych i Archeologii Franciszkańskiego Uniwersytetu Antonianum z siedzibą w Rzymie. Jerozolimskie studium to centrum odznaczające się wielką żywotnością intelektualną, bardzo cenioną w Kościele i poza nim, na tej ziemi i poza jej granicami.

Ta instytucja naukowa służy lepszemu i głębszemu poznaniu relacji jaka istnieje pomiędzy tekstem natchnionym a tradycjami historycznymi, geografią oraz archeologią biblijną. Od chwili założenia Franciszkańska Szkoła Biblijna w sposób szczególny interesowała się początkami chrześcijaństwa, czyli wspólnotami Kościoła wywodzącymi się zarówno z judaizmu jak i z pogaństwa. Historia i archeologia biblijna studiowane w Jerozolimie stają się nauką tętniącą życiem a sam pobyt w Świętym Mieście zachęca do osobistego kontaktu z bogactwem Bliskiego Wschodu.

W obrębie SBF znajduje się Muzeum Archeologiczne, którego początkiem byłą kolekcja artefaktów w klasztorze Najświętszego Zbawiciela w Jerozolimie. Z chwilą utworzenia przy klasztorze Biczowania Studium, także muzeum zmieniło swoje miejsce (1931 r.). Obok biblioteki, stało się ono elementem uzupełniającym wiedzę studentów i pracę naukową wykładowców. Nowa ekspozycja została przygotowana przez o. G. Amadoni’ego, który jedną z sal poświęcił faunie i florze palestyńskiej. Katalog muzeum opracował o. B Bagatti w 1939 r. Pierwszym dyrektorem muzeum został o. Sylwester J. Saller, który wzbogacił jego kolekcję o eksponaty pochodzące z wykopalisk w Palestynie i z terenu Zajordania. Następcą o. Saller’a był o. Spijkerman, który starał się o rozwinięcie działu numizmatycznego. Zgromadzona kolekcja monet obejmowała eksponaty pochodzące z epoki rzymskiej z miast Palestyny; Dekapolu i Arabii.

W październiku 1974 r. kierowanie muzeum przeszło w ręce o. M. Piccirillo. Pojawiła się jednocześnie potrzeba restrukturyzacji muzeum i znalezienia nowych lokali dla eksponatów. Ostatecznie muzeum nadano strukturę opartą na pochodzeniu znalezisk i eksponatów. Do ciekawostek muzeum należy cykl malowideł z XV w., antyfonarze z XIV w. oraz porcelanowe wyposażenie apteki przy klasztorze Najświętszego Zbawiciela w Jerozolimie (XVII -XIX w.). Wystawiono także ciekawe elementy wystroju architektonicznego oraz dokumenty epigraficzne z różnych epok. Ekspozycja ilustrowana jest za pomocą planów, fotogramów i rysunków. Muzeum SBF posiada charakter biblijny; a więc każdy z eksponatów to przyczynek do ilustracji którejś ze kart Pisma Świętego. Sale muzeum ukazują jednocześnie historię sanktuariów i pobożność pielgrzymów nawiedzających Miejsca Święte.

Do grona archeologów pracujących na konto SBF należą oo. Sylwester Saller (1895-1976) i Augustus Spijkermann (1920-1973). Do tych dwu nazwisk należy dołączyć o. Virgilio Corbo (1918-1991). Pod jego kierownictwem przeprowadzono najważniejsze wykopaliska m. in. na Herodionie (1961-1967), w bazylice Grobu Świętego (1961-82), Kafarnaum (1968-1990), Macheroncie (1978-1981). Wszystkie wyniki odkryć zostały opublikowane. Znanym filologiem był natomiast o. Angelo F. Lancellotti (1927-1984). Najwybitniejszą postacią SBF był bez wątpienia o. Bellarmino C. Bagatti (1905-1990). Był wieloletnim dyrektorem Studium, łącząc pracę dydaktyczną z wykopaliskami archeologicznymi i publikacjami. O. Bagatti jednak „nie zadowalał się jedynie dokładnym i precyzyjnym podaniem do wiadomości dokonanych przez siebie odkryć, lecz jako człowiek wielkiej kultury i [niepospolitej] wrażliwości, starał się odtworzyć historię, myśl, sposób życia, cały świata ewangeliczny i chrześcijański pierwszych wieków”. W środowisku jerozolimskiego Studium o. Bagatti winien być nazwany „założycielem swoistej szkoły (dydaktycznej), łącząc teoretyczny wykład z poznawaniem zabytków i uczestnictwem w kampaniach wykopaliskowych… Z jednej strony stawiał sobie za cel wyodrębnienie i docenienie młodych sił (jego młodsi następcy są… [tego] świadectwem), z drugiej zaś starał się o międzynarodowy charakter grona profesorskiego wykładającego w Studium”. Do nazwisk wybitnych wykładowców SBF należy dołączyć o. Emanuela Testę i Michele Piccirillo. Do tej pory są aktywni Frederic Manns, Alviero Niccacci i Eugenio Alliata.

Badacze zainteresowani chrześcijaństwem wschodnim powinni natomiast znać Centrum Studiów Chrześcijańskiego Wschodu w Kairze. Centrum zostało założone w 1954 roku w klasztorze położonym w kairskiej dzielnicy Musky. Konwent ten miał wspaniałą przeszłość: stanowił pierwszą placówkę franciszkańską w Egipcie. Celem tej placówki jest rozwój badań nad chrześcijaństwem na terenie Bliskiego Wschodu, historią i życiem Franciszkanów na tym terenie oraz szeroka dokumentacja tych zagadnień. Jest to w pewnej mierze kontynuacja dzieła o. Hieronima Golubovich’a. Kairskie centrum zajmuje się przede wszystkim publikacjami. Może ono pochwalić się jedyną w swoim rodzaju biblioteką orientalistyczną oraz zbiorem manuskryptów wschodnich: arabskich, syryjskich, koptyjskich, ormiańskich, tureckich, perskich. Nie brak także manuskryptów archiwalnych stanowiących dzieło misjonarzy pracujących na bliskim wschodzie (gramatyki, słowniki, zapiski). Najobszerniejszy jest dział koptyjski. Księgozbiór oraz manuskrypty przyciągają do biblioteki badaczy oraz studentów zainteresowanych historią miejscowego chrześcijaństwa. Pracująca w Centrum garstka zakonników pomaga także egipskiej młodzieży uniwersyteckiej oddając do dyspozycji książki oraz pomieszczenia.